En este concejo de Bedoya, además de esta ermita de Toja existían en el año 1752 otras seis ermitas y santuarios: Nuestras Señora de los Ángeles, Ermita de San Miguel, Ermita de San Julián, Nuestra Señora del Rosario, Ermita de San Tirso y Nuestra Señora de la Concepción. Todas disponían de medios propios en mayor o menor medida, su economía era bastante satisfactoria por eso en muchas ocasiones financiaban las obras de las iglesias del Valle de Bedoya. Así en 1800, con motivo de ampliar la iglesia De San Pedro de Bedoya el obispo de Palencia aplico los caudales de las ermitas de Nuestra Señora de los Ángeles, San Pedro de Toja y San Miguel.
En un documento donde se detalla el planteamiento de la reparación de su estructura, podemos apreciar que la ermita ya existía antes de 1600 ó 1625 y las obras se efectuaron en 1700 a cargo del Maestro Arquitecto Rafael de Cossío (Casuso). El eclesiástico encargado era don Francisco de Linares Lasso, cura y Arcipreste del Valle de Bedoya. San Pedro ad Vincula quiere decir «en cadenas» o «encadenado» alude al episodio bíblico cuando el apóstol San Pedro fue hecho preso y encadenado por el rey Herodes Agripa y fue liberado por un ángel.
Las pinturas murales en esta ermita imitan cortinas a los lados del retablo mayor de principios del siglo XVII. La utilización de cortinas en relación a altares y espacios sagrados proviene de la antigüedad. Como una clara referencia dentro de la tradición judeo-cristiana podemos mencionar los velos o cortinas que separan en el templo de Salomón el área del sancta o tabernáculo del sancta sanctorum. Tradicionalmente, por ser espacios sacralizados, los altares se cubrían con cortinas, telas o velos. Lo mismo sucedía con las imágenes, las cuales ostentaban cortinas para cubrirse de manera permanente, o bien para una celebración específica. Derivado del texto de Carlos Borromeo, Instrucciones de la fábrica y del ajuar ecleseásticos, sabemos que la tela es considerada digna de tocar el objeto sagrado, lo resguarda de la vista, de las manos impuras y del ambiente. Los textiles que se emplean para este fin son de calidades y colores específicos, directamente relacionados con lo sacro, con el lujo y la nobleza por eso parece que las pinturas imitando tela le daban mayor valor al relacionarlo con lo sacro, con el lujo y la nobleza
